Với mục tiêu thúc đẩy hợp tác Đại học – Doanh nghiệp trong nghiên cứu, phát triển và chuyển giao công nghệ, Viện Công nghệ Thông tin luôn chú trọng hoạt động hợp tác trong và ngoài nước. Các đối tác trong nước Viện Công nghệ Thông tin hợp tác tương đối đa dạng, các đối tác hàn lâm và các đối tác doanh nghiệp. Các hợp tác hàn lâm thường sẽ hợp tác về giảng dạy, nghiên cứu khoa học và cùng nhau xây dựng các dự án, đề tài nghiên cứu khoa học. Các đối tác là doanh nghiệp sẽ tiến hành cùng nhau giải quyết các bài toán thực tiễn gặp phải cho doanh nghiệp hoặc hợp tác trong đào tạo chuyên sâu các nội dung về công nghệ thông tin và truyền thông. Một số đối tác trong nước như:
- Trường Quốc tế, Đại học Quốc gia Hà Nội
- Viện Quốc tế Pháp ngữ, Đại học Quốc gia Hà Nội
- Trường Đại học Giáo dục, Đại học Quốc gia Hà Nội
- Trường Đại học Công nghệ, Đại học Quốc gia Hà Nội
- Trường Đại học Công nghệ Thông tin và Truyền thông Việt – Hàn, Đại học Đà Nẵng
- Trường Đại học RMIT Việt Nam
- Công ty FSI
- Công ty Savvycom
- Công ty FPT Smart Cloud
- Công ty HTC-ITC
- Học viện Công nghệ Edison
- Công ty Cổ phần Tập đoàn Hương Việt
- Ngân hàng SHB
- Ngân hàng BIDV
- Một số doanh nghiệp như ngân hàng, nhà máy, xí nghiệp, bệnh viện…